實(shí)驗目的:對RNasin性能效果進(jìn)行檢測及評估。
實(shí)驗材料及設備
模板RNA:大鼠肌肉組織RNA
引物:Rat β-acting:Forward CCCATCTATGAGGGTTACGC
Reverse TTTAATGTCACGCACGATTTC
RNase:50mg/ml(simgen)
RNasin:40U/μl
cDNA第一鏈合成試劑盒(simgen)、2×SYBR Green PCR mix(simgen)
設備:ABI 7000 熒光PCR儀、普通PCR儀、離心機及移液器
其他耗材:0.6ml離心管,八連排管,RNase-free吸頭,一次性手套及防護用品和紙巾。
實(shí)驗方法:利用逆轉錄反應將RNA逆轉錄成cDNA及SYBR Green熒光PCR方法對RNasin產(chǎn)品的性能效果進(jìn)行檢測評估。
實(shí)驗方案:
編號 |
RNA量 |
RNase 量 |
RNasin量 |
1 |
2μg |
4ng |
0 |
2 |
2μg |
40ng |
80U |
3 |
2μg |
4ng |
80U |
4 |
2μg |
0ng |
0 |
設計思路:
1. 編號1-4為測試同一批RNasin的性能,1號與3號是測試相同RNA量和RNase量,加不加RNasin對cDNA合成的影響,即RNasin抑制RNase的活性效果。
2. 4號是表示在不添加RNase和RNasin時(shí)的空白對照。
3. 2號與3號是測試在相同RNA量和RNasin量的條件下,改變RNase的量,RNasin對不同量的RNase的抑制效果有什么變化。
實(shí)驗步驟:
1.將模板RNA在冰上解凍;5×gDNA Buffer、RNasin、RNA(500ng/ul)、RNase、RNA-Free H2O、5×RT Buffer、RT-Enzyme mix、RT-Primer mix 、2×SYBR Green PCR Mix、引物、在室溫(15-25℃)解凍,解凍后迅速置于冰上。使用前將每種溶液渦旋振蕩混勻,簡(jiǎn)短離心以收集殘留在管壁的液體。
注:RNase稀釋需在抽風(fēng)口或遠離PCR操作室的實(shí)驗室。
2. 按照表1的基因組DNA的去除體系配制混合液,徹底混勻。簡(jiǎn)短離心,并置于42℃,孵育30min,以保證RNase有充分時(shí)間去降解RNA。然后置于冰上放置。
表1 gDNA去除反應體系
試劑編號 |
1 |
2 |
3 |
4 |
5×gDNA Buffer(μl) |
2 |
2 |
2 |
2 |
RNA(μl)*1 |
4 |
4 |
4 |
4 |
RNase(ng)*2 |
2 |
20 |
2 |
— |
RNasin(μl)*3 |
— |
2 |
2 |
— |
RNA-Free H2O(μl) |
補足到10μl |
注:
1. RNA的濃度是500ng/μl,RNA的濃度不能太低,且RNA需在RNase之前添加,否則可能被RNase降解完從而在熒光PCR上反映不出差異。
2. RNase的濃度分別為1ng/μl和10ng/μl,故在加入RNase時(shí)均加入2μl,保證不同的量相同體積,以減少誤差,在加RNase的時(shí)候應盡量在無(wú)RNase的環(huán)境中添加,以免環(huán)境中RNase過(guò)多而導致RNA降解嚴重從而在熒光PCR上反映不出差異。
3. RNasin的濃度為40U/μl,添加RNasin應在加RNA之前添加。后續cDNA合成步驟參考cDNA第一鏈合成試劑盒(simgen)說(shuō)明書(shū)操作。所得cDNA稀釋5倍,置于冰上備用。
熒光PCR步驟參考2×SYBR Green PCR Mix(simgen)說(shuō)明書(shū)操作。
將稀釋好的cDNA模板按照5μl/管加入到熒光PCR反應體系混合液中,進(jìn)行熒光PCR擴增,觀(guān)察實(shí)驗結果。
實(shí)驗結果:
從上圖看,在加2ng RNase時(shí),加不加RNasin對cDNA的合成是有明顯影響的,即3號比1號的CT值要小6個(gè)CT,表示它們的起始cDNA濃度相差大概26倍,說(shuō)明RNasin對RNase的影響是非常大的。
從2號與3號對比,說(shuō)明在相同量的RNasin下,當RNase的量增加到20ng時(shí),80U RNasin的效果還不足將RNase完全抑制,說(shuō)明一定量的RNasin只能對一定量的RNase有足夠的抑制作用。
(本文轉載丁香園)