真核生物的基因組DNA以染色質(zhì)的形式存在。因此，研究蛋白質(zhì)與DNA在染色質(zhì)環(huán)境下的相互作用是闡明真核生物基因表達機制的基本途徑。染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目前唯一研究體內DNA與蛋白質(zhì)相互作用的方法。它的基本原理是在活細胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)－DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長(cháng)度范圍內的染色質(zhì)小片段，然后通過(guò)免疫學(xué)方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，通過(guò)對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。CHIP不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動(dòng)態(tài)作用，還可以用來(lái)研究組蛋白的各種共價(jià)修飾與基因表達的關(guān)系。而且，CHIP與其他方法的結合，擴大了其應用范圍：CHIP與基因芯片相結合建立的CHIP-on-chip方法已廣泛用于特定反式因子靶基因的高通量篩選；CHIP與體內足跡法相結合，用于尋找反式因子的體內結合位點(diǎn)；RNA-CHIP用于研究RNA在基因表達調控中的作用。由此可見(jiàn)，隨著(zhù)CHIP的進(jìn)一步完善，它必將會(huì )在基因表達調控研究中發(fā)揮越來(lái)越重要的作用。

      染色體免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是基于體內分析發(fā)展起來(lái)的方法，也稱(chēng)結合位點(diǎn)分析法，在過(guò)去十年已經(jīng)成為表觀(guān)遺傳信息研究的主要方法。這項技術(shù)幫助研究者判斷在細胞核中基因組的某一特定位置會(huì )出現何種組蛋白修飾。ChIP不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動(dòng)態(tài)作用，還可以用來(lái)研究組蛋白的各種共價(jià)修飾與基因表達的關(guān)系。近年來(lái)，這種技術(shù)得到不斷的發(fā)展和完善。采用結合微陣列技術(shù)在染色體基因表達調控區域檢查染色體活性，是深入分析癌癥、心血管疾病以及中央神經(jīng)系統紊亂等疾病的主要代謝通路的一種非常有效的工具。

      它的原理是在保持組蛋白和DNA聯(lián)合的同時(shí)，通過(guò)運用對應于一個(gè)特定組蛋白標記的生物抗體，染色質(zhì)被切成很小的片斷，并沉淀下來(lái)。IP是利用抗原蛋白質(zhì)和抗體的特異性結合以及細菌蛋白質(zhì)的“prorein A”特異性地結合到免疫球蛋白的FC片段的現象活用開(kāi)發(fā)出來(lái)的方法。目前多用精制的prorein A預先結合固化在argarose的beads上，使之與含有抗原的溶液及抗體反應后，beads上的prorein A就能吸附抗原達到精制的目的。實(shí)驗最需要注意點(diǎn)就是抗體的性質(zhì)?？贵w不同和抗原結合能力也不同，免染能結合未必能用在IP反應。建議仔細檢查抗體的說(shuō)明書(shū)。特別是多抗的特異性是問(wèn)題。其次，要注意溶解抗原的緩沖液的性質(zhì)。多數的抗原是細胞構成的蛋白，特別是骨架蛋白，緩沖液必須要使其溶解。為此，必須使用含有強界面活性劑的緩沖液，盡管它有可能影響一部分抗原抗體的結合。另一面，如用弱界面活性劑溶解細胞，就不能充分溶解細胞蛋白。即便溶解也產(chǎn)生與其它的蛋白結合的結果，抗原決定族被封閉，影響與抗體的結合，即使IP成功，也是很多蛋白與抗體共沉的悲慘結果。再次，為防止蛋白的分解，修飾，溶解抗原的緩沖液必須加蛋白每抑制劑，低溫下進(jìn)行實(shí)驗。每次實(shí)驗之前，首先考慮抗體/緩沖液的比例?？贵w過(guò)少就不能檢出抗原，過(guò)多則就不能沉降在beads上，殘存在上清。緩沖劑太少則不能溶解抗原，過(guò)多則抗原被稀釋。

      ChIP-chip技術(shù)對于大規模挖掘順式調控信息成績(jì)卓著(zhù)，同時(shí)它可以用于胚胎干細胞和一些疾病如癌癥、心血管疾病和中央神經(jīng)紊亂的發(fā)生的機制。研究人員還可以利用這項技術(shù)開(kāi)發(fā)一些治療方法。目前ChIP-chip技術(shù)研究主要集中于兩個(gè)領(lǐng)域：及轉錄因子的結合和條件特異性；組蛋白的修飾，組蛋白修飾蛋白和染色體重建。

      ChIP-chip在描述轉錄結合因子動(dòng)力學(xué)中的研究、染色體結構組分的分布、在組蛋白的修飾、組蛋白修飾蛋白和染色體重建中的應用也十分廣泛。ChIP-chip 技術(shù)的優(yōu)點(diǎn)是，可以在體內進(jìn)行反應；在給定的檢驗細胞環(huán)境的模式下得到DNA相互關(guān)系的簡(jiǎn)單影像；使用特異性修正抗體鑒定與包含有一個(gè)特異性后轉錄修正的蛋白質(zhì)的相關(guān)位點(diǎn)；直接或者間接（通過(guò)蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)的相互作用）的鑒別基因組與蛋白質(zhì)的相關(guān)位點(diǎn)。缺點(diǎn)是：需要一個(gè)特異性蛋白質(zhì)抗體，有時(shí)難于獲得；為了獲得高豐度的結合片段，必須實(shí)驗演示胞內條件下靶標蛋白質(zhì)的表達情況；調控蛋白質(zhì)的基因的獲取可能需要限制在組織來(lái)源中。

      總之，ChIP-chip 技術(shù)的發(fā)展為析活細胞或組織中DNA與蛋白質(zhì)的相互關(guān)系提供了一個(gè)極為有力的工具。在未來(lái)的研究中，將對芯片的構建進(jìn)行改進(jìn)，提高其實(shí)用性。使用易于獲得抗體，增加這種方法的可用性。