土壤，是由一層層厚度各異的礦物質(zhì)成分所組成大自然主體。土壤和母質(zhì)層的區別表現在于形態(tài)、物理特性、化學(xué)特性以及礦物學(xué)特性等方面。由于地殼、水蒸氣、大氣和生物圈的相互作用，土層有別于母質(zhì)層。它是礦物和有機物的混合組成部分，存在著(zhù)固體，氣體和液體狀態(tài)。疏松的土壤微粒組合起來(lái)，形成充滿(mǎn)間隙的土壤的形式。這些孔隙中含有溶解溶液（液體）和空氣（氣體），因此，土壤通常被視為有多種狀態(tài) 。

提取土壤中微生物、動(dòng)植物遺體等的DNA是在分子水平上研究生態(tài)、環(huán)境保護與修復及菌種篩選等的基礎。土壤的成分包括礦物質(zhì)、粘土等無(wú)機物、植物及植物的遺體、腐殖物質(zhì)等土壤有機物以及在土壤中存在的微生物，其中絕大部分的微生物都是無(wú)法直接培養進(jìn)行繁殖和研究，從土壤樣品中提取DNA是研究土壤微生物最為有效的方法。

在整個(gè)提取的過(guò)程中，腐殖質(zhì)是最大的干擾因素。腐殖質(zhì)是已死的生物體在土壤中經(jīng)微生物分解而形成的有機物質(zhì)，含有植物生長(cháng)發(fā)育所需要的一些元素，能改善土壤，增加肥力。主要方法是幫助增加可以讓空氣和水進(jìn)入的空隙，也同樣產(chǎn)生植物必須的氮，硫，鉀和磷。動(dòng)植物殘體在微生物作用下形成簡(jiǎn)單化合物的同時(shí)又重新合成復雜的高分子化合物。但是由于腐殖物質(zhì)的性質(zhì)與DNA十分相似，從土壤中提取的DNA的同時(shí)也會(huì )將將腐殖質(zhì)等物質(zhì)一起純化，因而采用一般的DNA提取方法很難除去腐殖物質(zhì)等抑制因子，再加上這些腐殖物質(zhì)會(huì )抑制聚合酶鏈式反應（PCR）及限制性酶切等，因此，徹底去除腐殖物質(zhì)等抑制因子是整個(gè)操作過(guò)程中的重點(diǎn)，也是難點(diǎn)。

目前從土壤樣品中提取微生物DNA的方法主要有直接法和間接法。直接法是指將土壤樣品放在裂解液中，經(jīng)過(guò)有效的破壁方法使微生物的DNA全部釋放到裂解液中，然后再進(jìn)行分離提取的方法。間接法是指將土壤放在一種的緩沖液中，如Buffer PBS等，把微生物從土壤中分離出來(lái)，然后再進(jìn)行DNA的提取。間接法可大大降低土壤中腐殖酸，重金屬鹽對DNA提取帶來(lái)的影響，但是這種方法會(huì )丟失許多微生物，得到的DNA并非土壤樣品中的全基因組(宏基因組)，間接法使用的已經(jīng)很少了。

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