在研究DNA樣品中的突變時(shí)，確定新的序列變化到底是體細胞突變，還是生殖細胞系的多態(tài)性，這似乎是件挺困難的事。最近，西班牙納瓦拉大學(xué)（University of Navarra）的研究人員介紹了一種非常簡(jiǎn)單的方法，可在沒(méi)有配對組織樣品時(shí)鑒定DNA樣品中的體細胞突變。

     體細胞突變，以及其他的遺傳和表觀(guān)遺傳畸變，對癌癥的發(fā)展很重要。這些突變可通過(guò)各種機制在正常細胞中產(chǎn)生，它們帶來(lái)一些增殖優(yōu)勢，最終形成腫瘤克隆。新突變的鑒定是癌癥研究中重要的一部分，有助于開(kāi)發(fā)新的診斷和治療方法。

     如今，鑒定體細胞突變的金標準方法是使用同一個(gè)體的另一種組織進(jìn)行比較分析。遺憾的是，研究人員并不總能獲得這種配對的組織樣品。在這種情況下，人們往往從健康對照或數據庫中尋找新發(fā)現的序列變化，或估計新的序列變化相對正常序列的比例。然而，這些方法可能導致非常罕見(jiàn)的多態(tài)性被錯誤地判定為體細胞突變。

 
     為此，納瓦拉大學(xué)生物化學(xué)和遺傳學(xué)系的研究人員開(kāi)發(fā)出一種新方法，來(lái)評估這些新變異的性質(zhì)。對于這種方法，他們需要在序列變異的附近有一個(gè)已知的多態(tài)性，以便鑒定兩個(gè)等位基因。利用這種多態(tài)性作為參考，他們能夠檢查新變異是存在于一個(gè)等位基因的所有拷貝中，還是僅僅存在于一些拷貝中。此外，這種方法也能檢測雜合性丟失（LOH）事件。

     據研究人員介紹，這種方法是否適合，取決于雜合參考多態(tài)性和序列變異之間的距離；距離越長(cháng)，則兩個(gè)變異之間發(fā)生重組的概率就越高。重組將導致體細胞變化存在于兩個(gè)等位基因上，而不僅僅是它出現的那個(gè)等位基因。

     在實(shí)驗過(guò)程中，首先必須擴增包含新變異和參考多態(tài)性的DNA片段?？紤]到人類(lèi)基因組中的多態(tài)性數量，預計每300-350個(gè)核苷酸中存在一個(gè)。擴增之后，將產(chǎn)生的擴增子克隆到合適的質(zhì)粒上。分離后的克隆將攜帶參考多態(tài)性的一個(gè)等位基因以及野生型或新變異。接著(zhù)對這些質(zhì)粒進(jìn)行測序，如果新的序列變異存在于每個(gè)克隆中，則視為生殖細胞系變異，如果僅僅存在于部分克隆中，則為體細胞突變。

     利用這種方法，研究人員將兩個(gè)新的序列變異歸為生殖細胞系的多態(tài)性，即CSF2RA中的p.P166S和IL3RA的p.W226X。此外，通過(guò)這種方法，他們還成功檢測到患者體內的LOH事件。