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只有10個(gè)細胞,也要任性地開(kāi)展全轉錄組分析[新品推薦]

     正如世界上沒(méi)有兩片相同的樹(shù)葉,也沒(méi)有兩個(gè)相同的細胞。即使在同一群體中,單個(gè)細胞也可能存在很大的差異,而這些差異也許對整個(gè)群體的功能有重要影響。然而,傳統的轉錄組表達分析往往獲得了一個(gè)平均值,而掩蓋了這些關(guān)鍵的差異。為了更好地了解基因表達差異的生物學(xué)意義,研究人員越來(lái)越關(guān)注少量而具有特色的細胞亞群。


     熒光活化細胞分選(FACS)和激光捕獲顯微切割(LCM)等現代技術(shù),實(shí)現了少量細胞的鑒定及分離。不過(guò),細胞數量少,通常無(wú)法產(chǎn)生足夠的RNA,以目前的芯片或RNA-Seq分析來(lái)獲得可靠的表達數據。腫么辦?


     不要緊,有了AffymetrixGeneChip WT Pico Kit,即使只有10個(gè)細胞、100 pgRNA,也能任性地開(kāi)展全轉錄組分析。這是一個(gè)樣品制備試劑盒,配合全轉錄組芯片使用。因此,在處理那些珍貴的樣品時(shí),研究人員能夠保留更多的樣品,用于未來(lái)的實(shí)驗。


     除了樣品量少,WT Pico Kit 在樣品類(lèi)型上也靈活至極。我們在研究過(guò)程中,通常需要對多個(gè)來(lái)源的樣品進(jìn)行分析。比如,癌癥研究通常要比較新鮮凍存組織和FFPE組織的樣品。在很多時(shí)候,我們需要使用不同的試劑盒來(lái)處理不同的樣品類(lèi)型,這增加了實(shí)驗流程的復雜性,在數據中引入了不想要的變化。


     WT Pico Kit能處理大多數樣品類(lèi)型,包括培養的細胞、新鮮凍存組織或FFPE組織,以及全血。這大大簡(jiǎn)化了實(shí)驗流程,并避免了目標制備方法帶來(lái)的可變性。


     當然,樣品不同,所需的量也不同。對于細胞或組織,WT Pico Kit可處理100 pg2 ngRNA;而對于FFPE組織,它則需要500 pg10 ngRNA。這個(gè)總RNA樣品可直接使用,而不需要去除核糖體或球蛋白RNA。經(jīng)過(guò)逆轉錄以及T7體外轉錄和擴增之后,cRNA被轉化成生物素化的正義鏈DNA,可立即用于全轉錄組芯片的雜交。


     Affymetrix的人類(lèi)全轉錄組芯片(HTA)大家都不陌生。這是一款高分辨率的基因表達芯片,除了能檢測基因水平(包括所有編碼基因和長(cháng)鏈非編碼基因)的表達圖譜,還可以準確分析幾乎所有已知的轉錄本異構體。

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