問(wèn)題：最近要做CHIP，有一點(diǎn)疑惑：如果超聲過(guò)程正好把目的基因斷開(kāi)，PCR時(shí)應該就檢測不到目的基因了??！有這樣的情況嗎？

   解答：1. 超聲要摸條件，使DNA 片段大都控制在300-500bp（其實(shí)200-800bp也可以的），太小了基本都打斷了，沒(méi)法PCR。2. 設計PCR引物時(shí)，產(chǎn)物的長(cháng)度不要太長(cháng)100多就可以，產(chǎn)物太長(cháng)不容易P出來(lái)（原因可能就像你想的那樣，DNA被打斷了）3. 不同的細胞，不同的固定條件，特別是不同的儀器都不一樣的，只能慢慢摸條件，我做ChIP實(shí)驗，在超聲這個(gè)地方浪費的時(shí)間最多了你說(shuō)你的條帶是100左右，你可以試試：

  （1）降低振幅和超聲次數（減低的幅度大點(diǎn)）

  （2）你確定100bp不是RNA（你電泳前去RNA了嗎？），在上樣孔前面有沒(méi)有條帶呀（除了超聲過(guò)了之外，還有可能超聲不足，我當時(shí)就這樣）

   問(wèn)題：最近摸超聲條件摸了好一陣子了，感覺(jué)條帶片段差不多了，怎么做input卻擴不出目的基因呢？我的目的基因是318kb，但同時(shí)我用其它引物，產(chǎn)物長(cháng)度分別為500和800的都能擴出來(lái)，唯獨想做的目的基因擴不出來(lái)，怎么回事呢？用未超聲的細胞，目的基因的引物是沒(méi)有問(wèn)題的，超聲后怎么做不出來(lái)了呢？有這 樣的情況嗎?

   解答：未超聲的細胞能作出來(lái)，說(shuō)明引物和PCR條件是沒(méi)有問(wèn)題的說(shuō)明是input出了問(wèn)題（input應該是提了DNA才跑的pcr，不是input直接pcr吧？），而input也就只是超聲處理了，說(shuō)明還是這里出的問(wèn)題，你超聲后片段一般都是多大（超聲后直接電泳的，還是提DNA后電泳看的）？可以上個(gè)圖看看嗎？我個(gè)人感覺(jué)318bp的產(chǎn)物有點(diǎn)大了，100多點(diǎn)就可以，，你說(shuō)別的產(chǎn)物500/800多能跑出了，這個(gè)說(shuō)明不了太大的問(wèn)題，畢竟不是一個(gè)基因。